説明
The records in this dataset were collected and evaluated for the following publication: Porco, D., Hermant, S., Purnomo, C.A. et al. eDNA-based detection of the invasive crayfish Pacifastacus leniusculus in streams with a LAMP assay using dependent replicates to gain higher sensitivity. Sci Rep 12, 6553 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-10545-w
Abstract of the publication: LAMP assays are becoming increasingly popular in the feld of invasive species detection but are still underused in eDNA-based monitoring. Here, we propose a LAMP assay designed to detect the North American crayfsh species Pacifastacus leniusculus in water samples from streams. The presence of P. leniusculus was detected through this new LAMP assay in all but one of the nine sites sampled. No correlation was found between ddPCR absolute concentration measurements and the number of LAMP-positive technical replicates. However, we showed that using dependent technical replicates could signifcantly enhance the detection sensitivity of the LAMP assay. Applied to other assays, it could improve sensitivity and thus allow for a more efcient use of eDNA-based LAMP assays for invasive species detection in aquatic ecosystems.
データ レコード
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バージョン
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引用方法
研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:
Porco D (2022): eDNA‑based detection of the invasive crayfish Pacifastacus leniusculus in streams with a LAMP assay using dependent replicates to gain higher sensitivity. v1.10. National Museum of Natural History, Luxembourg. Dataset/Occurrence. https://gbif.mnhn.lu/ipt/resource?r=edna_pacifastacus_leniusculus_2022&v=1.10
権利
研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:
パブリッシャーとライセンス保持者権利者は National Museum of Natural History, Luxembourg。 To the extent possible under law, the publisher has waived all rights to these data and has dedicated them to the Public Domain (CC0 1.0). Users may copy, modify, distribute and use the work, including for commercial purposes, without restriction.
GBIF登録
このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: ea16e238-4e23-41fb-9eee-c1ea4f0caa63が割り当てられています。 GBIF Luxembourg によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているNational Museum of Natural History, Luxembourg が、このリソースをパブリッシュしました。
キーワード
Occurrence
連絡先
- 最初のデータ採集者 ●
- 連絡先
https://orcid.org/0000-0003-1914-1973
- メタデータ提供者 ●
- 連絡先
地理的範囲
Luxembourg
| 座標（緯度経度） | 南 西 [49.425, 5.691], 北 東 [50.198, 6.537] |
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時間的範囲
| 開始日 / 終了日 | 2021-10-07 / 2021-10-11 |
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プロジェクトデータ
DNADIVE aims at developing a toolbox for the molecular monitoring of invasive crayfish in the streams of Luxembourg. Three exotic species (Orconectes limosus, Pacifastacus leniusculus and Astacus leptodactylus) and a native one (Astacus astacus) will be targeted for the project. This molecular toolbox will encompass several techniques of detection comprising (1) a simple amplification method easily performed in a laboratory with few elements, (2) a digital droplet amplification (ddPCR) which is a more elaborated lab method that can allow for a higher detection sensitivity and a possible quantification of DNA that could be related through the proxy of biomass and abundance to the size of the populations detected and (3) an isotherm amplification method (iPCR) i.e. a simple, cost effective approach which will allow for a field detection usable by non-trained agents. The results will enable the development of a predictive species distribution model for the target species and to infer their impact on freshwater communities through the comparison with previous sampling campaigns.This set of methods has the high potential to efficiently contribute to early detection and routine monitoring of the invasive crayfish species in Luxembourg, thus allowing for a timely and efficient decision-making and appropriate management.
| タイトル | eDNA Detection for crayfish InvasiVE species in streams of Luxembourg: development of a molecular toolbox |
|---|---|
| 識別子 | fnr_6a3662d14403588d48664fb09ec37a0b |
| ファンデイング | National Research Fund Luxembourg 2, Avenue de l'Universite (Maison du Savoir B.P. 1777) L-1017 Luxembourg, 4365 Esch-sur-Alzette Grant Number: fnr_6a3662d14403588d48664fb09ec37a0b |
プロジェクトに携わる要員:
追加のメタデータ
| 代替識別子 | ea16e238-4e23-41fb-9eee-c1ea4f0caa63 |
|---|---|
| https://gbif.mnhn.lu/ipt/resource?r=edna_pacifastacus_leniusculus_2022 |