Descripción
The records in this dataset were collected and evaluated for the following publication: Porco, D., Hermant, S., Purnomo, C.A. et al. eDNA-based detection of the invasive crayfish Pacifastacus leniusculus in streams with a LAMP assay using dependent replicates to gain higher sensitivity. Sci Rep 12, 6553 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-10545-w
Abstract of the publication: LAMP assays are becoming increasingly popular in the feld of invasive species detection but are still underused in eDNA-based monitoring. Here, we propose a LAMP assay designed to detect the North American crayfsh species Pacifastacus leniusculus in water samples from streams. The presence of P. leniusculus was detected through this new LAMP assay in all but one of the nine sites sampled. No correlation was found between ddPCR absolute concentration measurements and the number of LAMP-positive technical replicates. However, we showed that using dependent technical replicates could signifcantly enhance the detection sensitivity of the LAMP assay. Applied to other assays, it could improve sensitivity and thus allow for a more efcient use of eDNA-based LAMP assays for invasive species detection in aquatic ecosystems.
Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 340 registros.
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Versiones
La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.
¿Cómo referenciar?
Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:
Porco D (2022): eDNA‑based detection of the invasive crayfish Pacifastacus leniusculus in streams with a LAMP assay using dependent replicates to gain higher sensitivity. v1.10. National Museum of Natural History, Luxembourg. Dataset/Occurrence. https://gbif.mnhn.lu/ipt/resource?r=edna_pacifastacus_leniusculus_2022&v=1.10
Derechos
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El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es National Museum of Natural History, Luxembourg. En la medida de lo posible según la ley, el publicador ha renunciado a todos los derechos sobre estos datos y los ha dedicado al Dominio público (CC0 1.0). Los usuarios pueden copiar, modificar, distribuir y utilizar la obra, incluso con fines comerciales, sin restricciones.
Registro GBIF
Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: ea16e238-4e23-41fb-9eee-c1ea4f0caa63. National Museum of Natural History, Luxembourg publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Luxembourg.
Palabras clave
Occurrence
Contactos
- Originador ●
- Punto De Contacto
https://orcid.org/0000-0003-1914-1973
- Proveedor De Los Metadatos ●
- Punto De Contacto
Cobertura geográfica
Luxembourg
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [49,425, 5,691], Latitud Máxima Longitud Máxima [50,198, 6,537] |
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Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 2021-10-07 / 2021-10-11 |
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Datos del proyecto
DNADIVE aims at developing a toolbox for the molecular monitoring of invasive crayfish in the streams of Luxembourg. Three exotic species (Orconectes limosus, Pacifastacus leniusculus and Astacus leptodactylus) and a native one (Astacus astacus) will be targeted for the project. This molecular toolbox will encompass several techniques of detection comprising (1) a simple amplification method easily performed in a laboratory with few elements, (2) a digital droplet amplification (ddPCR) which is a more elaborated lab method that can allow for a higher detection sensitivity and a possible quantification of DNA that could be related through the proxy of biomass and abundance to the size of the populations detected and (3) an isotherm amplification method (iPCR) i.e. a simple, cost effective approach which will allow for a field detection usable by non-trained agents. The results will enable the development of a predictive species distribution model for the target species and to infer their impact on freshwater communities through the comparison with previous sampling campaigns.This set of methods has the high potential to efficiently contribute to early detection and routine monitoring of the invasive crayfish species in Luxembourg, thus allowing for a timely and efficient decision-making and appropriate management.
| Título | eDNA Detection for crayfish InvasiVE species in streams of Luxembourg: development of a molecular toolbox |
|---|---|
| Identificador | fnr_6a3662d14403588d48664fb09ec37a0b |
| Fuentes de Financiación | National Research Fund Luxembourg 2, Avenue de l'Universite (Maison du Savoir B.P. 1777) L-1017 Luxembourg, 4365 Esch-sur-Alzette Grant Number: fnr_6a3662d14403588d48664fb09ec37a0b |
Personas asociadas al proyecto:
Metadatos adicionales
| Identificadores alternativos | ea16e238-4e23-41fb-9eee-c1ea4f0caa63 |
|---|---|
| https://gbif.mnhn.lu/ipt/resource?r=edna_pacifastacus_leniusculus_2022 |