Description
The records in this dataset were collected and evaluated for the following publication: Porco, D., Hermant, S., Purnomo, C.A. et al. eDNA-based detection of the invasive crayfish Pacifastacus leniusculus in streams with a LAMP assay using dependent replicates to gain higher sensitivity. Sci Rep 12, 6553 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-10545-w
Abstract of the publication: LAMP assays are becoming increasingly popular in the feld of invasive species detection but are still underused in eDNA-based monitoring. Here, we propose a LAMP assay designed to detect the North American crayfsh species Pacifastacus leniusculus in water samples from streams. The presence of P. leniusculus was detected through this new LAMP assay in all but one of the nine sites sampled. No correlation was found between ddPCR absolute concentration measurements and the number of LAMP-positive technical replicates. However, we showed that using dependent technical replicates could signifcantly enhance the detection sensitivity of the LAMP assay. Applied to other assays, it could improve sensitivity and thus allow for a more efcient use of eDNA-based LAMP assays for invasive species detection in aquatic ecosystems.
Enregistrements de données
Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 340 enregistrements.
Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.
Versions
Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.
Comment citer
Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:
Porco D (2022): eDNA‑based detection of the invasive crayfish Pacifastacus leniusculus in streams with a LAMP assay using dependent replicates to gain higher sensitivity. v1.10. National Museum of Natural History, Luxembourg. Dataset/Occurrence. https://gbif.mnhn.lu/ipt/resource?r=edna_pacifastacus_leniusculus_2022&v=1.10
Droits
Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:
L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est National Museum of Natural History, Luxembourg. En vertu de la loi, l'éditeur a abandonné ses droits par rapport à ces données et les a dédié au Domaine Public (CC0 1.0). Les utilisateurs peuvent copier, modifier, distribuer et utiliser ces travaux, incluant des utilisations commerciales, sans aucune restriction.
Enregistrement GBIF
Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : ea16e238-4e23-41fb-9eee-c1ea4f0caa63. National Museum of Natural History, Luxembourg publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du GBIF Luxembourg.
Mots-clé
Occurrence
Contacts
- Créateur ●
- Personne De Contact
https://orcid.org/0000-0003-1914-1973
- Fournisseur Des Métadonnées ●
- Personne De Contact
Couverture géographique
Luxembourg
| Enveloppe géographique | Sud Ouest [49,425, 5,691], Nord Est [50,198, 6,537] |
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Couverture temporelle
| Date de début / Date de fin | 2021-10-07 / 2021-10-11 |
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Données sur le projet
DNADIVE aims at developing a toolbox for the molecular monitoring of invasive crayfish in the streams of Luxembourg. Three exotic species (Orconectes limosus, Pacifastacus leniusculus and Astacus leptodactylus) and a native one (Astacus astacus) will be targeted for the project. This molecular toolbox will encompass several techniques of detection comprising (1) a simple amplification method easily performed in a laboratory with few elements, (2) a digital droplet amplification (ddPCR) which is a more elaborated lab method that can allow for a higher detection sensitivity and a possible quantification of DNA that could be related through the proxy of biomass and abundance to the size of the populations detected and (3) an isotherm amplification method (iPCR) i.e. a simple, cost effective approach which will allow for a field detection usable by non-trained agents. The results will enable the development of a predictive species distribution model for the target species and to infer their impact on freshwater communities through the comparison with previous sampling campaigns.This set of methods has the high potential to efficiently contribute to early detection and routine monitoring of the invasive crayfish species in Luxembourg, thus allowing for a timely and efficient decision-making and appropriate management.
| Titre | eDNA Detection for crayfish InvasiVE species in streams of Luxembourg: development of a molecular toolbox |
|---|---|
| Identifiant | fnr_6a3662d14403588d48664fb09ec37a0b |
| Financement | National Research Fund Luxembourg 2, Avenue de l'Universite (Maison du Savoir B.P. 1777) L-1017 Luxembourg, 4365 Esch-sur-Alzette Grant Number: fnr_6a3662d14403588d48664fb09ec37a0b |
Les personnes impliquées dans le projet:
Métadonnées additionnelles
| Identifiants alternatifs | ea16e238-4e23-41fb-9eee-c1ea4f0caa63 |
|---|---|
| https://gbif.mnhn.lu/ipt/resource?r=edna_pacifastacus_leniusculus_2022 |